يعد قسم الشؤون القانونية واحد من أهم الأقسام الحيوية في رئاسة جامعة سامراء وذلك حسب طبيعة المهام الموكلة إليه، ويرتبط القسم من حيث الهيكل التنظيمي الإداري بمساعد رئيس الجامعة للشؤون الإدارية مباشرةً ويقوم القسم بتنظيم الكفالات والتعهدات والوكالات والمصادقة عليها، وتنظيم العقود لطلبة البعثات والزمالات والإجازات الدراسية، وتصديق المستمسكات المطلوبة للمعاملات التي تنظم داخل الجامعة.
ويتكون القسم من أربعة شعب وهي كما يلي:
- شعبة الاستفسارات وبيان الرأي: تقوم بإبداء الرأي بخصوص الاستفسارات والإشكالات القانونية.
- شعبة الدعاوى: تقوم بمهام متابعة حقوق الجامعة، ومتابعة الدعاوى الجزائية خاصة ما يتعلق بالقضايا المحالة إلى هيئة النزاهة وقضايا التزوير للوثائق الدراسية لمنتسبي الجامعة، كما تقوم بمتابعة إجراءات الدعاوى المقامة من الجامعة وعليها.
- شعبة الأملاك: تقوم بمتابعة كافة الأمور الخاصة بأملاك الجامعة، كمتابعة استملاك العقارات المخصصة للجامعة، ومتابعة رفع حالات التجاوز على أملاك الجامعة، ومتابعة تخصيص أراضي للجامعة.
4. شعبة التقاعد: تقوم بإصدار أوامر الإحالة إلى التقاعد لمنتسبي الجامعة ممن أكملوا السن القانوني واحتساب مدة خدمتهم ومفاتحة دوائر التقاعد العامة وعمل دفتر خدمة للموظفين والتدريسيين وإصدار أوامر ترقين قيد المتوفون منهم أثناء الخدمة، بالإضافة إلى تمديد خدمة التدريسيين حسب الضوابط التي أقرتها الوزارة.
